Es denomina Intifada AL-Aqsa, o Segona Intifada, a l'onada de violència que es va iniciar a partir del 29 de setembre de 2000 en els territoris palestins. El llavors capdavanter de l'oposició israeliana, Ariel Sharon, va visitar la zona exterior del recinte de la Cúpula de la Roca i la mesquita del-Aqsa. Al setembre de 2000, en ple debat sobre el futur de Jerusalem però amb el permís del cap de la seguretat palestina a Cisjordània, el que va provocar alguns incidents i xocs amb palestins, doncs va ser vist per la població palestina com una gravíssima provocació, encara que cap d'ells de gravetat. A l'endemà, en la pregària del divendres, amb la tensió entre ambdues poblacions en augment, centenars de joves musulmans des de l'Esplanada de la Mesquita van apedregar als fidels jueus congregats davant el Mur. La policia israeliana va disparar usant foc real, matant a set palestins, estenent-se els incidents en tot el Jerusalem àrab. S'ha vingut sostenint que la Segona Intifada es va iniciar arran d'aquests fets, encara que una comissió a aquest efecte, la cridada Comissió Mitchell va descartar aquesta possibilitat, assegurant que la violència palestina hagués esclatat de qualsevol forma com producte de la negativa d'Arafat d'acceptar les propostes israelianes de Camp David. Com resposta a aquest atac, i al cada vegada més deteriorat i empantanat procés de pau, Israel ocupa de nou alguns dels territoris que havia alliberat durant hores o setmanes. En aquesta intifada, es comença a generalitzar l'ús de les bombes suïcides. Els punts d'aquests atacs suïcides van ser llocs freqüentats pels civils israelians com centres comercials, restaurants i les xarxes de transport public. En resposta als atacs suïcides de les organitzacions armades palestines, les autoritats israelianes van posar en pràctica els assassinats extrajudicials contra dirigents palestins vinculats a activitats terroristes, familiars dels mateixos i civils pròxims. Aquestes morts són conegudes pels israelians com assassinats selectius. No obstant això, Israel manté que els objectius seleccionats i abatuts són part activa en les hostilitats, ja que són els planificadors o instigadores d'activitats terroristes dintre del territori israelià. Cal assenyalar que aquest tipus d'assassinat extrajudicial ha provocat baixes civils que gens tenien a veure amb la lluita armada, i que per això hi ha hagut desenes d'objectors de consciència en l'exèrcit israelià. En 2006, la situació és ambivalent: d'una banda s'ha completat el Pla de retirada unilateral israeliana de la Franja de Gaza, la qual cosa, lluny de calmar la situació, ha agreujat els atacs terroristes des de la Franja de Gaza amb coets contra les poblacions frontereres israelianes .
D'altra banda, Israel manté el control fronterer, el que dificulta els viatges a l'exterior dels palestins, i vigila de forma estricta el moviment entre les ciutats palestines. Els palestins no residents a Jerusalem tampoc poden ingressar en la ciutat. Per la seva banda, Israel no només manté, sinó que amplia constantment els assentaments de colons israelians a Cisjordània, la qual cosa segueix sent font de conflictes.